Die berühmte Muttergotteserscheinung in Absam erfolgte zu einem Zeitpunkt, in der die Auswirkungen des Josephinismus im Habsburgerreich noch überall zu spüren waren. Joseph II hatte die meisten Wallfahrtsstätten schließen lassen und auch viele Klöster und kirchliche Stiftungen aufgehoben. Es war aber auch die Zeit, in der ein drohender Einfall der Franzosen in Tirol zu befürchten war.
In dieser Zeit also saß eines Nachmittags die 18-jährige Rosina Bucher, Tochter des Johann Bucher und der Anna Keßler, in der Stube des väterlichen Bauernhauses (heute in der Jakob Stainertraße nach dem Schloss Krippach) und nähte. Plötzlich gewahrte sie im Schein der untergehenden Sonne in der Fensterscheibe einen Frauenkopf, dessen Stirn von einem Tuch umhüllt war. Die Nachricht davon verbreitete sich in Windeseile und schon in den nächsten Tagen kamen zahlreichen Bild davon zu machen. Die Kunde gelangte bald bis zum Fürstbischof von Brixen – damals zuständig für alle kirchliche Belange in Tirol – der ein Kommssion einberief, um das Bild zu untersuchen. Diese traf sich in der Wohnung des Dechants von Innsbruck und versuchte, einen rein naturwissenschaftlichen Ursprung nachzuweisen. Schlussendlich kam die Kommission dennoch zur Entscheidung, dass hier keinesfalls eine übernatürliche Erscheinung vorliege. Die Absamer Bevölkerung verlangte daraufhin das Bild zurück, um es in einer eigens zu errichtenden Kapelle auf dem Grundstück der Familie Bucher aufzustellen. Dies verbat jedoch der Fürstbischof und so wurde das Bild auf einem Seitenaltar in der Pfarrkirche aufgestellt.
Trotz des negativen Gutachtens der Kommission ließ sich die gläubige Bevölkerung nicht erschüttern und immer mehr Menschen pilgerten von nah und fern nach Absam, um zur Muttergottes zu beten. Zahlreiche Votivgaben aus den ersten Jahren zeugen von der raschen Verwurzelung des Gnadenbildes in der lokalen Volksfrömmigkeit. Unter anderem wurde der Tiroler Erfolg in der Schlacht von Spinges vom 2. April 1797 der Erscheinung des Marienbildes in Absam zugeschrieben und viele sahen darin einen weiteren Beweis, dass die Kommission falsch geurteilt hätte.
So schreibt 1801 ein "Gottesgelehrter, der selbst Augenzeuge war und solches genau zu untersuchen Gelegenheit hatte": "Nie, den ganzen Krieg hindurch lebten wir so ruhig und sicher, als selbst in den Händen unserer Feinde. Jedermann staunte darüber und pries unsere allgemeine Mutter Maria ...'"
Absam gewann als Wallfahrtsort immer mehr an Bedeutung, nicht zuletzt durch die Besuche des österreichischen Kaiserhauses. Im Juni des Jahres 1848 pilgerte die kaiserliche Familie, Kaiser Ferdinand mit Kaiserin Maria Anna, Erzherzog Franz Karl mit Erzherzogin Sophie und den drei Söhnen, den Erzherzogen Franz Josef, Ferdinand Max und Karl Ludwig zu Fuß von Innsbruck nach Absam., wo sie von Pfarrer Ferdinand Lechleitner an der Kirchentür empfangen wurden. Mehrmals pilgerten 1848 Mitglieder des Kaiserhauses, die vor der Revolution in Wien nach Innsbruck geflohen waren, zur Gnadenstätte. Als im August der Präsident des österreichischen Reichsrates nach Innsbruck reiste, um den Kaiser zur Rückkehr zu bewegen, besuchte Ferdinand I. mit seiner Frau Absam. Auch andere Familienmitglieder folgten die Tage darauf diesem Beispiel. In den folgenden Jahren wallfahrteten weitere Mitglieder des österreichischen Kaiserhauses nach Absam, um dort ihre Gebete zu verrichten. Als Kaiser Franz Josef im Sommer 1881 von Vorarlberg zurückkehrte, sagte er in Hall zu Pfarrer Rautenkranz: "Auch ich war schon mehrmals in Absam.“
Vor allem jedoch war und ist Absam eine Gnadenstätte für das Volk. Dies bezeugen auch die zahlreichen Votivtafeln, mit denen sich der Fromme für die Erhörung seiner Anliegen bedankt. Schon im Erscheinungsjahr 1797 wurden 14 Votivbilder geopfert. Es sind dies meist Darstellungen mit dem Gnadenbild auf einer Wolke und dem Votanten auf der Landschaft kniend. Die Votivtafeln sind in der Votivtafelkapelle im Mesnerhaus, gegenüber der Sakristei, aufbewahrt. Der Eingang zu dieser Kapelle ist ein spätgotisches Kielbogenportal, das von der ehemals gotischen Pfarrkirche stammt.
Die über 400 Votivtafeln in dieser Kapelle und das "Anliegen- Buch" in der Kirche erzählen anschaulich von der vielfältigen Not und den vielfachen Erhörungen leidgeprüfter Menschen.
Ebenso verrichteten Schützenkompanien dort ihre Andachten. Noch heute findet alljährlich eine feierliche Prozession der Schützen nach Absam statt. Die bekanntgewordenen Gebetserhörungen, die Anziehungskraft jedes Wallfahrtsortes, zogen immer mehr Menschen nach Absam. Da im 19. Jahrhundert Mirakelbücher nicht mehr üblich waren, wurden die Berichte über wunderbare Gebetserhörungen und Krankenheilungen in Wallfahrtsbüchern zusammengefaßt; so auch in der Festschrift zum 100jährigen Jubiläum der Erscheinungen des Marienbildes 1897, verfasst von Philibert Seeböck. Aus diesem Anlass dauerten die Feierlichkeiten vom 29. Juni bis 4. Juli 1897. Zu den Andachten kamen der Fürstbischof Simon Aichner aus Brixen, der Weihbischof Dr. Katschthaler aus Salzburg und Priester aus ganz Österreich. Einige neugeweihte Priester feierten ihre Primiz in der Wallfahrtskirche. Nachdem ersten Weltkrieg fanden sich 1919 abermals, wie bei der 100-Jahr-Feier, an die 10.000 Pilger in Absam ein, erneuerten den Bundesschluss mit dem Herzen Jesu und beteten um die Landeseinheit Tirols. Während des Zweiten Weltkrieges pilgerten trotz staatlicher Verbote weiterhin Gläubige zum Marienbild. Wie Mesner Anton Haider und seine Gattin versicherten, wurde das Bild während des Dritten Reiches nie für Untersuchungszwecke entfernt. Die Absamer hielten ziemlich ungestört während dieser Zeit ihre Prozessionen durch die Felder ab. Darin sehen viele heute noch ein weiteres Wunder, das sie auf das Gnadenbild Mariens zurückführen.
Anlässlich der 150-Jahr-Feier im Juni 1947 gedachten die Gläubigen der Gefangenen, und während einer Buß- und Bittprozession beteten sie um deren Freilassung. Eine Woche später fand die Gelöbniswallfahrt der Katholischen Jugend statt, bei der an die 20.000 Jugendliche teilnahmen.
Auch in den letzten Jahren pilgerten unzählige Gläubige nach Absam, unabhängig davon, ob die Erscheinung als Wunder anerkannt wurde oder nicht. Neben den vielen "Einzelwallfahrern" pilgerten ganze Pfarrgemeinden oder andere Gruppen nach Absam, um ihre Gebete vor dem Gnadenaltar zu verrichten.
Wie in anderen Wallfahrtsorten ist die Kirche in Absam ebenfalls eine beliebte Heiratskirche. Nicht nur aus Nordtirol, sondern aus ganz Österreich, Südtirol und Bayern geben sich Paare dort das Jawort. In den Jahren 1797 bis 1953 fanden in Absam 22.909 Trauungen statt. Alfons Mayr aus Absam wusste zu berichten, dass es während des Ersten Weltkrieges Tage gab, an denen 10 Paare auf einmal getraut wurden. Blickt man in das Anliegenbuch, das seit 1986 vor dem Gnadenaltar aufliegt, so sieht man, dass immer wieder Ehepaare anlässlich ihres Hochzeittages nach Absam fahren und für ihre glücklichen Jahre danken.
Die "Hauptfeiertage" im Zusammenhang mit der Wallfahrt sind der 17. Jänner und der 30. Juni, Namensfest des zweiten Kirchenpatrons, des Hl. Johannes, an dem während einer feierlichen Prozession der Übertragung des Bildes in die Pfarrkirche gedacht
